Οι αρμοδιότητες της Εθνικής Αρχής Συντονισμού με βάση το άρθρο 2, παρ.1 του Ν.3614/2007 ασκούνται απο τη Γενική Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού, Περιφερειακής Πολιτικής και Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών.

Η Εθνική Αρχή Συντονισμού, συγκροτείται από τέσσερις (4) Ειδικές Υπηρεσίες:

1. Ειδική Υπηρεσία Στρατηγικής, Σχεδιασμού και Αξιολόγησης Αναπτυξιακών Προγραμμάτων (ΕΥΣΣΑΑΠ)
2. Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού της Εφαρμογής Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (ΕΥΣ)
3. Ειδική Υπηρεσία Θεσμικής Υποστήριξης (ΕΥΘΥ)
4. Ειδική Υπηρεσία Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος (ΕΥ ΟΠΣ)

Οι αρμοδιότητες των επιμέρους Ειδικών Υπηρεσιών που απαρτίζουν την Εθνική Αρχή Συντονισμού καθορίζονται με κοινή απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών και Οικονομίας και Οικονομικών.