Η εκ των υστέρων αξιολόγηση (ex-post) πραγματοποιείται από την Ευρωπαική Επιτροπή για κάθε στόχο σε στενή συνεργασία με το κράτος μέλος και τις διαχειριστικές αρχές και καλύπτει όλα τα επιχειρησιακά προγράμματα. Εξετάζει την έκταση χρήσης των πόρων, την αποτελεσματικότητα και αποδοτικότητα του προγραμματισμού των Ταμείων και τις κοινωνικοοικονομικές επιπτώσεις.

Προσδιορίζει επίσης τους παράγοντες που συνέβαλαν στην επιτυχία ή την αποτυχία της υλοποίησης των επιχειρησιακών προγραμμάτων και εντοπίζει τις ορθές πρακτικές.

Η εκ των υστέρων αξιολόγηση πρέπει να έχει ολοκληρωθεί έως τις 31 Δεκεμβρίου 2015.