Οι συγκεκριμένες δράσεις σχετίζονται με την καλύτερη διαχείριση ή διατήρηση των θαλάσσιων βιολογικών πόρων, τη μείωση της φυσικής και χημικής ρύπανσης των ιχθυοτρόφων υδάτων, καθώς τη μείωση άλλων φυσικών πιέσεων που ασκούνται στα φυσικά λιμνοθαλάσσια συστήματα συνήθως ως αποτέλεσμα ανθρωπογενών δραστηριοτήτων που επηρεάζουν αρνητικά τη βιοποικιλότητα. Επίσης, αποσκοπούν στη διατήρηση και βελτίωση της βιοποικιλότητας και των λειτουργιών-υπηρεσιών οικοσυστήματος όπως η αποκατάσταση συγκεκριμένων θαλάσσιων και παράκτιων οικοτόπων για τη στήριξη βιώσιμων αλιευτικών αποθεμάτων, συμπεριλαμβανομένης της επιστημονικής αξιολόγησής τους.

Προκειμένου να προστατευθεί το φυσικό περιβάλλον των ιχθυοτρόφων υδάτων των λιμνοθαλάσσιων οικοσυστημάτων της χώρας, η παρούσα πρόσκληση, δύναται να χρηματοδοτεί πράξεις που εστιάζουν στην αειφόρο διαβίωση και αναπαραγωγή των υδρόβιων βιολογικών πόρων και αφορούν στην αποκατάσταση και επιτήρηση των εσωτερικών υδάτων μέσω δράσεων αναβάθμισης και εκσυγχρονισμού των υφιστάμενων υποδομών, ειδικά στις προστατευόμενες, από το καθεστώς ΝATURA 2000 περιοχές, οι οποίες επηρεάζονται από αλιευτικές δραστηριότητες.

Απώτερος στόχος είναι η αποκατάσταση της υδραυλικής κυκλοφορίας των υδάτων (ομαλή κίνηση υδάτινων μαζών, ισόρροπη μίξη γλυκών-θαλασσινών υδάτων σε όλο το εύρος της προστατευόμενης έκτασης, βελτίωση εισροών – απορροών, ταχύτερη οξυγόνωση, αποτελεσματική παροχέτευση ακαθάρτων-ρύπων, αποφυγή αρνητικών επιπτώσεων πλημμυρικών φαινομένων κλπ), αλλά και ο εκσυγχρονισμός υφιστάμενων τεχνικών, ιχθυοπαραγωνικών, περιβαλλοντικών υποδομών, απαραίτητων για την ομαλή λειτουργία της λιμνοθάλασσας ως φυσικού οικοτόπου, που παρέχει καταφύγιο σε πλείστα είδη (φυτών, ιχθύων, ορνιθοπανίδας κλπ), ευρισκόμενη σε ισορροπία με άλλες χρήσεις (ιχθυοτροφικές, κοινωνικές, οικονομικές), καθόσον η ύπαρξή τους συνδέεται στενά και με τους τοπικούς πληθυσμούς.

Ως αποτέλεσμα θα προκύψει βελτίωση της οικοσυστημικής διαχείρισης, διασφάλιση της ποιότητας των υδάτων που προβλέπουν οι οδηγίες (πχ 60/2000/ΕΕ) και οι διεθνείς συνθήκες, καθώς και περιβαλλοντική αναβάθμιση στον εκσυγχρονισμό της ιχθυοπαραγωγής, με ότι αυτό συνεπάγεται για την τοπική οικονομία, τους επαγγελματίες που δραστηριοποιούνται και ζουν από τις λιμνοθάλασσες, αλλά και την οικολογική ισορροπία των ευαίσθητων και προστατευόμενων ενδιαιτημάτων που περικλείονται στα όρια των λιμνοθαλασσών.