Ως επιλέξιμες δαπάνες, για συγχρηματοδότηση από το Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο (ΕΚΤ+) της δράσης, μέσω του Προγράμματος της Περιφέρειας στην Προγραμματική Περίοδο 2021-2027,
ορίζονται οι δαπάνες (πληρωμές) των 3η ΥΠΕ και 4η ΥΠΕ για την λειτουργία των ΤΟΜΥ, σύμφωνα με τα οριζόμενα στην υπ' αριθμ. 27800 ΕΞ 2025/18-02-2025 (Β' 666) ΚΥΑ: «Διαδικασία - Πλαίσιο Εφαρμογής της δράσης «Λειτουργία νέων Τοπικών Ομάδων Υγείας (ΤΟΜΥ)», συγχρηματοδοτούμενης από το Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο+ στο πλαίσιο των Προγραμμάτων των Περιφερειών του ΕΣΠΑ 2021-2027», το ισχύον θεσμικό πλαίσιο (μεταξύ άλλων ν. 4461/2017, ν. 4486/2017, ν. 4931/2022), και όπως αυτές θα προσδιοριστούν στην Απόφαση Ένταξης.
Οι δαπάνες λειτουργίας περιλαμβάνουν αφενός τις άμεσες δαπάνες προσωπικού που αποζημιώνονται βάσει παραστατικών και αφετέρου τις έμμεσες και τις λοιπές –πλην δαπανών προσωπικού- άμεσες δαπάνες, οι οποίες αποζημιώνονται ως κατ' αποκοπή ποσοστό 40% επί των επιλέξιμων άμεσων δαπανών προσωπικού, σύμφωνα με το άρθρο 56.1 του Κανονισμού Κοινών Διατάξεων 2021/1060 και το άρθρο 34 της υπ' αριθμ. 114947 ΥΑ (ΦΕΚ Β 6132/01.12.2022) με τίτλο: «Εθνικοί κανόνες επιλεξιμότητας δαπανών για τα προγράμματα του ΕΣΠΑ 2021-2027».